La importancia y el valor de la obra y del propio Acosta, se pusieron de manifiesto inmediatamente después de la publicación de la Historia y es precisamente debido a ello por lo que se reeditó tantas veces y se tradujo a tantos idiomas, publicándose también repetidamente en cada uno de ellos. Hoy podemos decir que la Historia Natural y Moral de las Indias de José de Acosta se adelantó en muchos aspectos a su tiempo y, por eso, influyó profundamente en el pensamiento de su época e hizo avanzar el desarrollo científico de los siglos siguientes de manera decisiva.