El árbol de la ciencia se desarrolla durante los últimos años del siglo XIX y narra la vida de Andrés Hurtado, estudiante de medicina. Pese a que el joven entró a la escuela de medicina con muchas ganas de aprender, la educación que recibe lo deja desilusionado y pronto adopta una mentalidad negativa. Se hace amigo de Julio, Montaner y Lulú, una chica no muy guapa, de familia modesta y muy satírica. Comienza a visitar a su tío Iturrioz, quien también es médico y entablan conversaciones filosóficas en las que hablan sobre la sociedad, la ciencia y las ideas de Kant y Schopenhauer.
